木包装箱起不到通风的作用，在贮藏时要用冷库将采下的柠檬果用包装箱运输至冷藏库，预冷至10℃，挑选无病虫害、无机械伤、无腐烂的柠檬果用于贮藏。用0.01毫米厚的高密度聚乙烯膜或0.02毫米厚的低密度聚乙烯膜制成小包装袋，将柠檬单果装入，拧紧袋口，放入包装箱内。将包装箱在库内堆码成垛。垛间要留有空隙以利通风。在库温10℃，相对湿度85％～90％环境中，柠檬可贮藏8～9个月。
  木包装箱贮藏柠檬时，要注意库温的管理，前后期外界温度较高，要加强通风量，每天夜间打开通风孔，让冷空气进入库内，清晨关闭通风孔，以利降温。中期严寒季节要注意防寒保温，力求通风库温度保持在10～15℃。这样柠檬就不会腐烂在包装箱中。